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药品结构确认一般应用在药物申报和产品验证。结构确证是药物申报过程中必不可少的资料之一，该材料必须严谨、专业并且解析透彻，才能通过审核；结构确证是药物研发的基础，通过结构确证可以表征所制备中间产物或者原料药的结构是否正确，从而为产品的下一步生产奠定坚实的基础。
1、常规结构确认过程
确证结构的方法，主要采用波谱分析方法，包括IR、UV、NMR、MS，结合经典的理化分析和元素分析。需要时还应增加其它方法，如差热分析、热重分析、粉末X-射线衍射等。手性药物的构型确证，可采用单晶X-射线衍射、旋光光谱（ORD）、圆二色谱（CD），以及化学方法。基本原则是，提供充分的试验数据和图谱，正确进行解析，能够确凿证明药物分子的结构。